Село Алпатово основано в 1925 году как железнодорожный разъезд Алпатов. В 1926 году состояло из 8 дворов, основное население — великоруссы. В административном отношении входило в состав Наурского сельсовета (центр — станица Наурская) Наурского района Терского округа Северо-Кавказского края. По некоторым данным, в границах села существовал посёлок железнодорожников для работников станции Алпатово.
Наименование поселения, вероятно, связано с находящимся ныне в черте населённого пункта курганом Алпатова, название которого, в свою очередь, в некоторых источниках связывается с личностью беглого казака станицы Наурской Яшки Алпатова, перешедшего в ходе Кавказской войны к чеченцам и приобретшего в 1840-х и 1850-х годах известность своими набегами на казачьи станицы, хутора, посты, почтовые станции и тракты, нападениями на казаков Кавказского линейного казачьего войска, жителей и проезжих к северу от Терека, во главе шайки разбойников из чеченцев и беглых казаков. Утверждается, что курган получил имя Алпатова, поскольку тот был казнён на этом месте. В действительности Алпатов был расстрелян в Наурской в декабре 1856 года.
